Rei liseden beri Nanae'ye aşıktır. Nanae için katil bile olan Rei'nin gözü başkasını görmüyordur. Nanae, Rei'nin davranışlarından korkmaktadır. Rei, Nanae'yi kurtarabilmek için her şeyi yapacaktır.
"S sınıfı türler" adıyla bilinmekte olan ve tanımlanamayan dev yaratıklar Japonya'yı gittikçe daha fazla tehdit ederken, gümüş bir dev atmosferi geçerek Dünya'ya ulaşır.